Pobranie materiału – uzyskanie materiału od pacjenta (do pojemnika, butelki, podłoża transportowego) w sposób kontrolowany, by spełniał on kryteria materiału wartościowego diagnostycznie, tzn. spełniający kryteria diagnostyki mikrobiologicznej (adekwatny do toczącego się procesu chorobowego). Próbki pobiera się przed rozpoczęciem leczenia antybiotykami. Jeżeli przeprowadzamy badanie kontrolne po leczeniu, materiał pobiera się co najmniej po trzech dniach od zakończenia podawania antybiotyku. W razie konieczności przeprowadzenia badania bakteriologicznego u pacjentów, którzy wcześniej otrzymali antybiotyk, będzie napisane na skierowaniu, jaki lek chory pobiera i jak długo go stosuje.

Materiał pobiera się zawsze jałowym sprzętem, do jałowych pojemników. W przypadkach tego wymagających materiał pobiera się do podłoży transportowych. Wymaz z gardła pobiera się sterylną wymazówką zwilżoną jałową solą fizjologiczną lub wymazówką z bakteriologicznego zestawu transportowego. Pobiera się materiał ze zmienionych zapalnie okolic tylnej ściany gardła, podniebienia lub migdałków, nie dotykając zdrowo wyglądających śluzówek i śliny. Wymaz z nosa – przy użyciu wziernika nosowego i jałowej wymazówki. Wymaz z krtani – stosując tylko bakteriologiczne zestawy transportowe. Aspirant po nakłuciu błony bębenkowej przenosi się do jałowego pojemnika. Wymaz z ucha zewnętrznego pobiera się z miejsc pokrytych strupem lub wydzielinę za pomocą wymazówki zwilżonej solą fizjologiczną.