Zabieg polega na usunięciu ropy zgromadzonej w zatoce. Po znieczuleniu miejscowym, laryngolog wprowadza igłę do jamy nosowej, przebija zwykle cienką (przyśrodkową) ścianę zatoki w przewodzie nosowym dolnym, a następnie wstrzykuje roztwór soli fizjologicznej lub leku, wypłukując ropę, która wypływa przez nos lub po ścianie gardła i należy ją wypluć. Następnie może być podany jeszcze antybiotyk tą samą drogą. Jeśli śluzu lub substancji ropnej było dużo punkcję można powtarzać.

Choć klasyczna punkcja zatok to zabieg niekiedy konieczny, w wielu przypadkach można go uniknąć stosując inne metody leczenia (patrz: leczenia nosa i zatok sposobem Proetza).